Gel Electrophoresis

Gel Electrophoresis

(A) Agar Gel preparation
1. Put 0.9 g agarose in a 250ml flask with 70ml 1X TBE(a buffer solution)
2. boil it until it becomes clear
3. allow the gel solution to cool to about 50 oC

(B) Setting the running chamber
4. Use the plastic paper to make the tank become sealed. Set the comb over the gel plate so that the teeth rest just above the plate.
5. slowly pour the gel onto the plate until the solution covers about one-half the height of the comb’s teeth. (avoiding creating any bubbles)
6. allow the gel to solidify.
7. when the gel has hardened, squirt some water around the comb and then pull the comb teeth from the gel slowly.

(C) Loading the samples
8. place your gel in the running chamber with wells nearest the negative(black) electrode, and completely cover the gel with 1X TBE solution. DO NOT move the running chamber from this point on.
9. carefully load each of the samples(MK, M, F, S1, S2, D1, D2) into their corresponding wells in your gel.
10. attach the positive(red) and negative(black) electrodes to the corresponding terminals.(red into red, black into black) on the power supply and on the gel box.
11. turn the power on to about 100-120 volts, and make sure that small bubbles arise from the electrodes in the gel buffer.
12. wait for about one hour or the samples has moved about 3/4 distance .

(D) Staining the samples
13. Put the gel out of the tank and put it into the staining solution overnight.

如何記錄生物的基本資料

假如你到野外時發現了一種生物，究竟要記錄什麼資料?

由於不同種類的生物有不同特徵，要詳細記錄的話，是需要對該類生物有一定認識的。譬如要有效描述花朵，你總要懂得一些花朵的知識吧。可是，即使你不太曉得該生物的描述，有些重要資料還是可以記錄下來的。

以下是一些基本記錄:
1. 日期 (因許多生物於每年不同時期皆可能有不同特徵)
2. 地點 (許多時你不可能收集到一些生物樣本，因此詳細記錄地點是很重要的，也方便自己或他人再重臨此地時能找尋那種生物! 誰知道你會否憑空自編一種生物呢?)
3. 記錄者姓名 (方便他人查詢之用)

至於要記錄什麼特徵? 總有一些基本特徵是可以描述的。(試想想如何描述一件東西?) 但描述時應該注意以下事項:
1. 儘可能具體詳細。
2. 不要列出一些太空泛的特徵。

試試看，以下的描述，你覺得如何?
1. 該生物是呈紅色
2. 該生物有鰭、有尾。
3. 逐生物體積很小。

說明不同科學操作方式的優缺點

怎樣能分辨不同科學操作的優缺點?

要說明優缺點時，必須先有一假設的對象，沒有比較，便無法說明優缺點。(譬如沒有其他人作參考，你又如何說明自己的優缺點呢?)

分析儀(Data logger)相對於傳統數據操作方法，有甚麼優缺點? 要列出優缺點前，先想一想，兩者皆是實驗操作法，實驗操作法是如何衡量優缺點的?
一般來說有以下數點:
1. 準確(即更能達到實際的設計目的)
2. 操作快捷 (能夠使別人更快完成實驗，一定是優點吧!)
3. 操作簡易 (可減少實驗出錯的機會，亦能使到人較易重複你的實驗操作!)
4. 成本(愈便宜當然愈好了)

就以上數點，可以比較一下:

你不要以為以上的準則的順序是隨意的，準確度肯是最重要的，如果設計不準確的話，即是你速度再快，操作再簡易，成本再便宜也沒有用!

準確性
分析儀讀取數據肯定較精確，(準確跟精確有何不同?)，但精確度較高不代表設計準確，實驗的準確跟設計有關，跟儀器關係不大。

操作速度
利用數據儀可以使裝置較快完成，亦可於短時間內產生數據

操作簡易度
由於讀取數據時涉及較少步驟，因此可減少人在出錯的機會。

成本
數據儀肯定較昂貴

本生燈的使用

一般步驟

• 由於基本步驟可以很容易在教科書內找到，在這裡不詳述。

為甚麼要進行以下步驟:

反而是有些步驟，你必須清楚背後的理由，例如:

1. 點火前為何要先開啟氣孔?
2. 為何要佩戴護目鏡?(不要祇寫保護眼鏡?)
3. 回擊是甚麼? 甚麼情況下發生?

嚴重錯誤

燃點本生燈是實驗室內其中一項危險的操行，以下是一些嚴重錯誤，犯錯的話，輕則考試分會被重重扣掉，嚴重則會危害自己或他人的生命，切勿犯錯!

1. 點火時沒留意火。
2. 點火時，自已的頭部位於本生燈管口上方。(這樣做點火時隨時燒掉自己的面部)
3. 未把燃點了的火柴或點火器置於本生燈管口正上方，便開啟煤氣掣。(嚴重的話，會漏煤氣並引致大火)
4. 熄火後，煤氣掣仍處於開啟狀況。(煤氣掣把手應完全向下才算關掉)
5. 點火時交叉手。
6. 點火時，燃燒中的火柴斜向下。(應斜向上，以免火熖燒著自己的手)
7. 把火柴盒(盒內可能仍藏有未點燃的火柴)放在防火墊上靠近本生燈的位置。(假如燃點中的本生燈意外倒翻，可能因燒著火柴盒的火藥而引致大火)

Preparation of the agar plate for bacterial culture

1. Dissolve 2g of agar powder in 100 ml water.

2. Boil the mixture thouroughly, stir the mixture all the time.

3. sterilize the petri dish(培養皿)

4.Place the petri dish up side down before filling the agar liquid.

5.Quickly fill in the petri dish with agar liquid to 2/3 high.

6.Cover the petri dish with the petri dish cover.

7. Wait to let the agar cool down.

8. Store it in a refrigerator.

如何活化生物

用生物(尤其是微生物)進行實驗時，許多時要先活化微生物才可以開始，因為貯存微生物(例如酵母菌)時會把它非活化(但又不會死亡)，代謝反應非常低，並不能進行實驗。

但要如何活化(activate)微生物? 你可以猜猜，生物需要的基本條件是甚麼?

一般而言，是水、適當溫度及養份。

要供應水是肯定的了。(為甚麼?)

所謂適當溫度，通常不超過 40 度，不要把微生物煮熟了!至於加熱時間，視乎不同微生物及實驗而定，一般 5 - 10 分鐘便成。

你有約要預15-30分鐘進行活化微生物的程序。(如果你不進行活化的話，便可能完成不了實驗!)

至於養料? 其實是不一定要供應的，因提供適當溫度及水分後，微生物便會被活化，至於用甚麼養料，便要視乎不同的實驗了。

如何於顯微鏡下計算微生物的數目

原理上，你先要知道用不同倍數的接目及接物鏡時觀察到範圍。

實際應用上，我們可以用以下的工具協助，這個工具名 cell counter，片上有許多已知大小的格子(但不同的片子的刻度會不同，視乎你用的倍數而定)，如下圖的 cell counter 上每格的面積是 1mm x 1mm，用 10 X 的接物鏡時，剛好可看到一格，你便可以數數內裡的微生物數目。

不過，如果數目太多的話，其實是很難準確計數的，一般超過100粒的話，我們便不太相信你的數據。那如何解決?

你可以:

1. 稀釋你的微生物溶液，然後再計算。

2. 用更高倍數的接目鏡及刻度更細小的 cell counter。

## 但請留意，無論用甚麼方法，也需要計算多次取平均數; 而且，混和及稀釋溶液時要均勻，取不同溶液的部份是有很大影響的。(因微生物實際上並不會溶於水中，肯定會沉澱的。)